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燃料电池是一种主要透过氧或其他氧化剂进行氧化还原反应，把燃料中的化学能转换成电能的发电装置。最常见的燃料为氢，其他燃料来源来自于任何的能分解出氢气的碳氢化合物。蓄电池，又称可充电电池，泛指所有在电量用到一定程度之后可以被再次充电、反复使用的化学能电池的总称。既可以将电池内的化学能转化为电能使用又可以在接上外部电源后反向进行，将电能储存为化学能。 而燃料电池被称为电池也是有原因的，运作原理基本上大致相同，必定包含一个负极，一个正极以及让离子(通常是氢正离子)通过电池两极的电解质。电子由负极传至正极产生直流电，形成完整的电路，这就是两者最大的共同点。

接下来是不同点： 首先，燃料电池是一种能量转换装置，比起电池其实更像是发动机，在工作时输入燃料，才能产出电能，而且燃料电池也不能储存化学能。而蓄电池不仅能利用化学能供电，还是一种能量储存装置，而且是必须先将电能储存到电池中，在工作时才能输出电能，且不需要输入能量，这是燃料电池与普通电池本质的区别。  当燃料电池所能够产生的电能只和燃料的供应有关，只要供给燃料就可以产生电能，其放电特性是连续进行的。蓄电池中储存的电量放空之后，必须是经过充电后才可能继续使用，其放电特性是间断进行的（反复充放电）。 燃料电池本体的质量和体积并不大，但燃料电池需要一套燃料储存装置或燃料转换装置和附属设备，才能获得氢气，而这些燃料储存装置或燃料转换装置和附属设备的质量和体积远远超过燃料电池本身，在工作过程中，燃料会随着燃料电池电能的产生逐渐消耗，质量逐渐减轻。普通蓄电池没有其他辅助设备，在技术性能确定后，不论是充满电还是放完电，蓄电池的质量和体积基本不变。 燃料电池在产生电能时，会不断地消耗参加反应的反应物质，这些物质不能重复使用，因此，要求不断地输入反应物质（燃料）。普通蓄电池的活性物质则是反复进行可逆性化学变化，并不会消耗。